Acabada la Guerra Civil Espanyola, els nazis estan instal·lats a Barcelona i altres llocs de Catalunya, han construït una infraestructura de poder policial i econòmic. Catalunya esdevé un lloc de refugi dels jueus i altres exiliats que fugen de l'horror. La mort nazi s'escampa per Europa i a Catalunya apareixen dos germans bessons portuguesos, Joel i Manuel Sequerra, que sota l'empara de la Creu Roja Portuguesa i del JOINT americà creen una xarxa d'evasió dels jueus que fugen de la barbàrie. Boira negra a Barcelona és un thriller coral que s'endinsa en la complicada vida dels refugiats i dels barcelonins que sobreviuen sota la crueltat feixista de Francisco Franco i dels vencedors de la Guerra Civil.